Třetí díl série nese podtitul Reign of Chaos. Přinesl velké množství změn. Nejzásadnější změnou je přechod do 3D grafiky. K dvěma základním rasám, Lidem a Orkům, přibyly dvě nové: Nemrtví (kteří se velmi podobají Zergům ve Starcraftu), a Temní elfové. Každá rasa má své specifické jednotky a budovy. Třetí díl navíc pokračuje v tom, v čem začal datadisk ke druhému dílu, v používání hrdinů. Každá rasa zde má tři hrdiny. Lidé mají paladina, arcimága a horského krále, nemrtví mají rytíře smrti, Liche a pána děsu, orkové proroka, pána mečů a náčelníka taurů a temní elfové měsíční kněžku, strážce lesa a lovce démonů. Na rozdíl od druhého dílu je zde k dispozici oživovací oltář, v němž se padlí hrdinové mohou oživit.

Dějství

Děj hry začíná ve chvíli, kdy se mladému orkovi Thrallovi ve snu zjeví prorok Medivh a vyzve jej k opuštění země a vyhledání Kalimdoru. Thrall poslechne a nalodí se. Mezitím v království lidí, Lordaeronu, se princ Arthas Menethil poprvé střetává s nemrtvými, kteří rozrušují nakažené oblií a z lidí se pak stávají zombie. Setká se s čarodějkou Jainou Proudmoore, která mu pomáhá bojovat proti nemrtvým. Arthas zjistí, že za vším stojí pán děsu Mal'ganis a vydá se ho zabít do země Northendu, ale Jaina zůstává v Lordaeronu, kde ji po Arthasově odjezdu navštíví prorok Medivh a řekne jí, aby odjela s lidmi do Kalimdoru, čehož Jaina uposlechne. Arthas se zatím zmocní legendárního meče jménem Mrazivý smutek, který vysaje jeho duši, ale pomůže mu zabít Mal'ganise. Arthas poté zabije svého otce, krále Terenase, a stane se rytířem smrti. Pán děsu Tichondrius mu zadává příkazy, které Arthas plní a poté oživí Liche Kel'Thuzada, který později vyvolá mocného démona Archimonda. Mezitím se Thrall a jeho kmen orků vylodí v Kalimdoru, kde narazí na výzkumné expedice lidí, s nimiž bojují. Thrall se spřátelí s vůdcem taurenů Cairnem a společně pak vyhledají proroka Medivha. U něj najdou také vůdkyní přeživších z Lordaeronu, Jainu Proudmoore. Prorok jim řekne, že se lidé a orkové musí spojit a osvobodit Thrallova přítele, Gromma Helscreama, který vede klan Warsong a kterého ovládli démoni. To se jim podaří a Thrall s Grommem nakonec zabijí jednoho z velitelů Plamenné legie, která vtrhla do světa s Archimondem, Mannorotha. V kampani za temné elfy se kněžka Tyrande Whisperwind marně brání náporům nemrtvých a rozhodne se proto probudit mocného druida Malfuriona Stormrage a poté osvobodí také jeho bratra, slepého lovce démonů, Illidana. Malfurion s jeho propuštěním však nesouhlasí. Když se pak Illidan na Arthasův popud a proti vůli svých spojenců zmocní Guldanovy Lebky (která ho napůl promění v démona) a zabije Tichondria, je vyhnán. Elfové se nakonec spojí s orky a lidmi a u stromu světa se postaví Archimodově armádě, v posledním pokusu o záchranu světa. Malfurion nachystá past a Archimonde se do ní chytí. Spolu se stromem světa jej zničí tisíce pravěkých bludiček-duchů stromů.